La storia ha inizio con una panoramica sul mondo degli Shinigami, delle creature mostruose simili ai diavoli, che abitano in una dimensione parallela al nostra. Sul sottofondo musicale di un canto gregoriano, l'inquadratura si sofferma su Ryuk, un angelo delle tenebre, che non presta attenzione ai passatempi degli altri Shinigami annoiati e fa cadere sulla terra un quaderno nero con la scritta Death Note ovvero "quaderno di morte". Questo viene raccolto da Light Yagami (Yagami Raito nell'originale giapponese), uno studente modello, che lo vede cadere dal cielo, sul cortile della scuola. Il giovane è attratto da quel quaderno e ancora di più da quello che sta scritto al suo interno "L'umano il cui nome viene scritto su questo quaderno morirà". Affinché questo abbia effetto, occorre avere bene in mente il volto della persona di cui si scrive il nome, in questo caso si evita di colpire eventuali omonimi. Arrivato a casa sua, Light legge le indicazioni del Death Note con molta attenzione e apprendendo che è anche possibile decidere entro 6' e 40", il tipo di morte da poter assegnare alla vittima: arresto cardiaco o altre cause. Light è ovviamente scettico sul potere del quaderno, ma allo stesso tempo è attratto enormemente dal desiderio di verificare la sua veridicità. Al telegiornale apprende la notizia di un criminale, che si è barricato all'interno di una scuola e tiene in ostaggio bambini ed insegnanti, mentre la polizia tenta di negoziare il riscatto. Light scrive il nome del malvivente sul Death Note e dopo pochi minuti, i giornalisti annunciano la liberazione dei bambini, a causa della morte improvvisa del loro sequestratore. Light rimane sconvolto dall'aver capito, che il quaderno di morte funziona veramente, ma ha bisogno di un altra prova per comprendere se si sia trattato di una coincidenza fortuita.

Light è un animo inquieto, affranto dalla malvagità che lo circonda e dovunque si giri non vede altro che prepotenza e soprusi. Mentre si dirige all'interno di una libreria vede un gruppo di balordi, che circondano una ragazza e dopo una serie di complimenti "pesanti" tentano di violentarla. La poveretta riesce a scappare, ma Light ha già scritto il nome del capobanda sul Death Note e così, durante l'inseguimento il molestatore viene travolto insieme alla sua moto, da un camion in corsa. Light ha così la definitiva conferma sul reale potere del Death Note.
Intanto nel mondo degli Shinigami, il demone Ryuk decide di andare sulla terra per riprendersi il Death Note e spiegando le sue enormi ali nere, si dirige sulla casa di Light. Questi è terrorizzato alla vista dell'orrendo demone, ma dopo che Ryuk gli spiega il motivo della sua venuta, Light capisce di avere fra le mani un enorme potere. Dal canto suo Ryuk è stupito dal numero impressionate di persone uccise da Light tramite il Death Note, in un delirio di giustizia onnipotente, ma non può fare nulla per riprendersi il quaderno, in quanto una volta che questi ha toccato terra, appartiene a colui che se ne iposessa. Tuttavia Ryuk inquieta Light, nel rivelargli che a tutti umani che hanno usato il Death Note, gli è spettata una morte terribile, senza Inferno e Paradiso. Intanto la madre di Light gli porta delle mele in camera, ma non può vedere lo Shinigami, in quanto questi ha un dialogo esclusivo con Light. Ryuk è goloso di mele che si divora quasi tutte e apprende che il ragazzo vuole attirare su di se l'attenzione del mondo, perché possa capire che lui ha il potere della giustizia divina, in grado di cambiare il mondo. Per prima cosa ha scritto i nomi dei criminali più pericolosi, in seguito spetterà agli immorali, che infastidiscono il prossimo. Questo perché ha l'intento di creare un paradiso sulla terra, popolato unicamente da persone serie e di buon cuore. Ryuk fa giustamente notare, che così facendo l'unico malvagio che rimarrà sulla terra, sarà soltanto lui. Ma Light è ormai in preda ad un delirio di follia, che lo vede padrone di un nuovo mondo.
Light continua a svolgere la vita di tutti i giorni, come se niente fosse successo, tuttavia sia a casa che a scuola viene seguito da Ryuk, che soltanto lui può vedere e sentire. L'intento di Ryuk è quello di divertirsi e sfuggire alla noia che lo attanagliava nel mondo degli Shinigami e Light non è il massimo dello spasso dal momento che oltre allo studio, si occupa di scrivere i nomi nel suo Death Note. Light ha una sorella più piccola, di nome Sayu che gli chiede di aiutarla a fare i compiti di matematica, ma Ryuk mette in guardia il ragazzo in quanto, se Sayu toccherà il Death Note potrà vederlo. Intanto all'Interpool si discute sul mistero delle morti per infarto, accadute in pochi giorni a diversi criminali. Non riuscendo a stabilire se si tratta di omicidi preterintenzionali o morti naturali, gli uomini dell'organizzazione si affidano a "ELLE" per risolvere il caso: il miglior detective del mondo. Questi nasconde la sua vera identità e parla all'assemblea tramite un computer portatile, con la voce alterata da un software. Intanto Light nasconde il Death Note su un doppio fondo del cassetto, nel caso in cui qualcuno possa scoperchiare il fondo e mettere mano al quaderno della morte, si attiverà un congegno che lo farà bruciare e lo distruggerà per sempre.

In città non si fa altro che parlare del misterioso assassino, che giustizia i criminali e sul web si moltiplicano i siti internet e i blog dedicati a Kira; è questo il nickname che gli hanno dato, derivante dall'abbreviazione della parola "killer". Ma alla televisione Light assiste all'annuncio del detective ELLE Lind Taylor, che esce finalmente allo scoperto e giura a tutta la popolazione che catturerà il fantomatico assassino Kira. Light si sente offeso quando ELLE gli dà del malvagio, in quanto egli stesso crede di essere il nemico della malvagità. Così cerca di vendicarsi di ELLE scrivendo il nome Lind Taylor sul Death Note. Dopo pochi minuti questi muore in diretta tv, fra lo stupore di tutti e la gioia di Light. Ma dopo qualche istante sullo schermo della tv compare il simbolo di ELLE, con la sua classica voce, fredda e sintetica che si complimenta con Kira per la capacità di uccidere a distanza. Lind Taylor era una persona condannata a morte, che ha usato per provare le capacità del suo avversario. Così ELLE lo provoca di fronte a tutta la popolazione, invitandolo ad ucciderlo e dimostrando tutta la sua caparbietà e la sua astuzia, riuscendo a capire che Kira si trova in Giappone. Light accetta la sfida, ma i due avversari hanno una cosa in comune: si ritengono entrambe giustizieri.

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